É muito complicado pois podes ter núvens numa parte do céu e noutra não. Um sistema simples seria ter um acromático foleiríssimo apontado para a polar, numa montagem fixa de madeira, com uma webcam. Isso também tinha uma vantagem, que era uma medição de seeing. Acho que a SBIG tem um sensor de seeing +/- baseado nisso. Depois bastaria um pequeno processamento de imagem que detectasse (ou não) a estrela. Caso não encontrasse, soaria o alarme...
Se não for para detectar por bloqueio de uma estrela, podes usar uma webcam até com a lente de origem, apontada para cima e focada para o infinito. Depois tens de ter um programa que analise o nível de sinal médio e se for superior a "x" aciona um dispositivo de domótica tipo X-10. Também serve para outra coisa, que é medir a transparência da noite. O problema é encontrar o valor correcto de disparo. E se estiver lua cheia...
O método que mostraste era por análise de uma banda específica, nos infravermelhos, que as núvens reflectiriam, pelo que percebi.
Isso é complicado porque tens de ter um termómetro para compensar a temperatura exterior.
E que tal uma webcam com um filtro IR-PASS?
Acho que o primeiro link q mandaste tem um erro, deverão ser 10um e não 10nm.