(...) reparei que havia uma diferença de 3+ graus entre altura em que o sol nasce no Stellarium e na realidade.
Estamos a falar de uma diferença de 3+ em azimute, certo? Ou seja, nas coordenadas altazimutais!.
Bom, se tens a certeza que o Stellarium tem a tua posição geográfica correcta, então o "erro" pode estar acumulado em alguns sítios.. O prioncipal pode estar na forma usada para "medir" a posição na realidade. Como mediste isso? Com bússola? Se sim, então tens que ter em conta a declinação magnética, sim.
Se tens na tua zona resolução suficinete das imagens de satélite, podes ainda tentar procurar na imagem pontos de referência que tens no terreno aí à volta, e tentar medir um ângulo na imagem para ter a coordenada de azimute.. Pode ser uma maneira de saber qual a declinação magnética do local, se confiarmos nas precisão das iamgens de satélite, e que estejam bem registadas no terreno pelo Google.
Uma fonte de engano pode ainda ser se o azimute se mede a partir do Norte ou a partir do Sul :-P
Em cima disso, há a questão de se o terreno é plano ou não, e se realmente no stellarium aquele ponto onde o sol aparece no horizonte "virtual", está à mesma "altitude" (coordenada local) que o nascer-do-sol real..
Ainda além disto, já me aconteceu a simulação dos planetas (posição das luas de Júpiter) diferir em cerca de 30 minutos da realidade, e estar a ver na ocular uma coisa que não batia certo com o que via no stellarium um esse tempo. Também pode acontecer que os cálculos do Stellarium não tenham sido feitos com o "rigor científico" em mente. Pode ser só uma aproximação..